Celosvetový výskyt pandémie SARS-CoV-2 urýchlil výskum vo viacerých oblastiach vedy, ktorého cenné výstupy a zistenia pomôžu v budúcnosti riešiť zdravotné výzvy v prípade výskytu nových vírusov. Spravili sme metatranskriptómovú analýzu z nazofaryngálnych výterov pacientov s rôznou závažnosťou ochorenia COVID-19 a negatívneho kontrolného súboru na porovnanie rozdielov v bakteriálnom spektre a prítomnosti vírusov sekvenovaním RNA nezávislého od kultivácie. Pozorovali sme výrazné zvýšenie diverzity mikrobiálnych druhov u pacientov s COVID-19 bez ohľadu na závažnosť ochorenia. Bakteriálny kmeň Actinobacteria je výrazne viac zastúpený u zdravých ľudí ako u infikovaných, zatiaľ čo kmeň Bacteroides je zastúpený výrazne menej. Infikovaní ľudia bez ohľadu na závažnosť a príznaky majú v rovnakom pomere zastúpené kmene Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes a Fusobacteriales. Okrem SARS-CoV-2 a početných skupín fágov sme v niekoľkých vzorkách identifikovali sekvencie klinicky významných vírusov, ako je Human Herpes Virus 1, Human Mastadenovirus D, Molluscum Contagiosum Virus a Rhinovirus A. Analýzy boli realizované retrospektívne, preto sú v prípade SARS-CoV-2 zastúpené rôzne varianty (WHO klasifikácia) ako je alpha (B.1.1.7), delta (B.1.617.2), omicron (B.1.1.529) a 20C.

Kľúčové slová: metatranskriptóm, mikrobióm, SARS-CoV-2, viróm